El programa es regido por una Comisión Académica y de Coordinación del Programa de Doctorado.
La composición y nombramiento de la Comisión Académica del Programa de Doctorado (que también actuará como Comisión de Coordinación), que debe entender de los criterios de acceso y admisión de los estudiantes, el seguimiento de estudiantes y la presentación de las tesis doctorales (entre otras) se llevará a cabo de la siguiente forma:
1. A los efectos de organización y supervisión de las actividades del Programa, cada uno de los Rectores nombrará un Coordinador que habrá de estar adscrito al Programa. Así mismo, tal como establece la normativa de la UCM, el Programa tendrá que disponer de un Coordinador principal, que será uno de los dos anteriormente citados y que se determinará por acuerdo entre Rectores. El Coordinador principal deberá cumplir las condiciones recogidas en el Real Decreto 99/2011.
2. Los Coordinadores, junto con otros ocho Profesores adscritos al Programa (cuatro por Universidad), constituirán una Comisión Académica del Programa de Doctorado, que actuará como Comisión de Coordinación del Programa de Doctorado y que establecerá la programación y aspectos académicos del mismo de acuerdo con el RD 99/2011, con la normativa de las Universidades firmantes y con los términos que se especifican en el Convenio.
Estos miembros de la Comisión de Coordinación serán también nombrados por los respectivos Rectores de entre los investigadores adscritos al Programa de Doctorado. Cinco de los diez miembros de la CAPD, incluyendo al coordinador correspondiente, pertenecerán
a la Universidad Politécnica de Madrid y los otros cinco, incluyendo al coordinador correspondiente, pertenecerán a la Universidad Complutense de Madrid. Su elección se distribuirá entre los distintos centros participantes en cada universidad. El perfil de dichos
miembros garantizará una adecuada representación de las cuatro líneas de investigación del programa que se especifican más adelante y al menos un nivel medio de experiencia investigadora en relación a los miembros del Programa.

Esta Comisión es la que desarrollará de acuerdo a la normativa de ambas universidades los distintos aspectos de admisión, seguimiento y presentación y lectura de tesis doctorales.

La Comisión Académica del Programa promoverá la dirección y supervisión de tesis doctorales por parte de investigadores/as de las líneas y equipos de investigación del programa de doctorado, a partir de la especialización temática, la adscripción previa a los equipos de investigación, y en todo caso, de los proyectos de investigación doctoral.
De igual manera, se contemplará la participación de investigadores/as de los centros colaboradores y de otros centros de España y Europa, a través de la codirección de tesis, cuando lo justifiquen razones de índole académica, y en especial por exigencias de interdisciplinariedad.
Para incentivar la dirección y supervisión de tesis doctorales, el programa de Doctorado y las dos universidades contemplan contabilizar dicha actividad como parte de la dedicación docente e investigadora.
La trayectoria académica y la experiencia de los profesores del programa avalan el interés de los mismos por la dirección de tesis doctorales. Además de las directrices recogidas
en la Guía de Buenas Prácticas, los cursos incluidos en la sección de Actividades Formativas podrán también constituir un foro para la interacción entre profesores del programa (sin ser éste su objetivo prioritario), lo que redundará en posibles codirecciones entre profesores que desarrollen líneas de investigación próximas pero complementarias.